Der (für jeweils drei Jahre gewählte) Vorstand der GeKo mit seinem Vorsitzenden und seinen Fachbeisitzern ist ehrenamtlich tätig.

Die ersten Vorsitzenden waren die nach Münster berufenen Ordinarien für Geographie Prof. Dr. Hans Dörries (1936–1945) und Prof. Dr. Wilhelm Müller-Wille (1947–1983), denen als solche Prof. Dr. Alois Mayr (1983–1996) und Prof. Dr. Heinz Heineberg (1996–2010) folgten. Heinz Heineberg gehörte bereits seit 1983 als Fachbeisitzer (Vertreter der Anthropogeographie/Regionalen Geographie) zum Vorstand. Von 2010 bis 2013 übernahm Prof. Dr. Klaus Temlitz den Vorsitz. Von 2013 bis 2026 war Prof. Dr. Karl-Heinz Otto als Vorsitzender der GeKo im Amt. 2026 wurde Prof. Dr. Thomas Hauff, der bereits seit 2007 im Vorstand aktiv ist, zum neuen Vorsitzenden gewählt.  

Im Vorstand der GeKo amtieren heute ferner als Fachbeisitzer Dr. Christian Krajewski (seit 2010, Universität Münster - Institut für Geographie),  Prof. Dr. Tobias Rudolph (seit 2025, Technische Hochschule Georg Agricola, Bochum - Forschungszentrum Nachbergbau) sowie Dr. Gerald Staacke (seit 2026, IHK Ostwestfalen zu Bielefeld). Zudem gehört qua Amt die Kulturdezernentin der Kulturabteilung des LWL, Dr. Barbara Rüschhoff-Parzinger, dem Vorstand an.

Die Aufgaben der Geschäftsführung (mit einer Stelle seit 1953) wurden 1953–1977 von Frau Dr. Elisabeth Bertelsmeier und 1977–2006 vom Wissenschaftlichen Referenten Prof. Dr. Klaus Temlitz wahrgenommen. Seit 2007 ist Dr. Rudolf Grothues der Geschäftsführer der GeKo.

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